Muzeum w Ostródzie jest samodzielną instytucją kultury powołaną 20 września 2000 roku na bazie istniejącej wcześniej Agencji Ochrony Dóbr Kultury – Izba Muzealna. Organem założycielskim jest Gmina Miejska Ostróda. Obecne położenie miasta na przecięciu dwóch szlaków wiodących z południa z Warszawy do Gdańska i z zachodu w głąb północno-wschodniej Polski powoduje, że miasto jest ważnym miejscem na mapie regionu. Położone u ujścia rzeki Drwęcy do Jeziora Drwęckiego posiada rozbudowaną bazę turystyczną i jest popularnym miejscem wypoczynku. Rocznie odwiedza je kilkadziesiąt tysięcy osób.
Ostróda jest też centrum gospodarczo-społecznym, edukacyjnym i kulturalnym dla tej części Mazur. Powstanie muzeum miejskiego stało się więc naturalną potrzebą. Utworzenie tego rodzaju placówki nie było ideą zupełnie nową. W okresie międzywojennym przy ówczesnym gimnazjum funkcjonowała w mieście spora izba muzealna, której początków należy szukać w zbiorach gromadzonych przez nauczyciela historii Emila Schnippela jeszcze przed I wojną światową. 12 września 1927 roku powołano do życia Stowarzyszenie na Rzecz Muzeum Regionalnego w Ostródzie. Ruszyły przygotowania do założenia muzeum, którego dość bogate zbiory znalazły swoje miejsce przy ówczesnym gimnazjum. II wojna światowa spowodowała rozproszenie zbiorów, niewielkie ich resztki zdołano zachować do dzisiaj. Część z nich znajduje się obecnie w zbiorach Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie. Instytucja ta, pełniąca po wojnie rolę muzeum okręgowego, posiada w swoich zbiorach spore ilości muzealiów pochodzących również z późniejszych prac archeologicznych prowadzonych w Ostródzie w ruinach zamku, staromiejskiego ratusza i na terenie powiatu ostródzkiego. Znaleziska te, pochodzące z różnych okresów historycznych: od pierwszych osad neolitycznych, przez średniowieczną ceramikę i broń do nowożytnych obiektów, stały się później podstawą do stworzenia w Ostródzie ekspozycji prezentującej historię miasta i regionu. Przystąpiono do tego, kiedy oddawano do użytku sale odbudowywanego ostródzkiego zamku.
Nastąpiło to w 1997 roku, wtedy też powstało Stowarzyszenie na Rzecz Muzeum Regionalnego w Ostródzie, którego zadaniem było formalne przygotowanie powstania instytucji. Pełnomocnikiem tegoż stowarzyszenia został p. Wiesław Skrobot. Po jego odejściu kierownikiem agencji zajmującej się dziedzictwem kulturowym został p. Ryszard Sajkowski. On też doprowadził do prawnego powstania muzeum. W działania te zaangażowanych było zresztą wiele innych osób. Ich pomoc była bardzo istotna, ponieważ stworzyła dla tej inicjatywy bardzo potrzebny, odpowiedni klimat społeczny. Siedzibą muzeum stał się XIV-wieczny zamek pokrzyżacki, w którym ma ono obecnie do dyspozycji trzy sale wystawowe o łącznej powierzchni ok. 350 m2. Spełnia ono rolę muzeum historycznego miasta i regionu ostródzkiego, posiada w swoich zbiorach obiekty pochodzące z wykopalisk archeologicznych, przedmioty użytkowe i pamiątki związane z życiem mieszkańców i ważnych postaci związanych z historią miasta.
