Pokrzyżacki zamek w Ostródzie usytuowany jest na północno zachodnim krańcu średniowiecznego założenia urbanistycznego miasta, w pobliżu wschodniego nabrzeża Jeziora Drwęckiego u głównego ujścia rzeki Drwęcy, od jego południowej strony.
Dawniej Drwęca uchodziła do jeziora dwoma ramionami, tworząc nad jego brzegiem wyspę – naturalne miejsce obronne, które Krzyżacy wykorzystali do wzniesienia swojej warowni. Pierwotnie, prawdopodobnie po 1270 roku, Krzyżacy zbudowali tu drewniany dwór rycerski otoczony palisadą wykonaną z bali z drewna, który od około 1300 roku stanowił siedzibę zakonnego wójta. W tym okresie rozpoczęli oni zagospodarowanie okolicznych ziem, przyznając liczne nadania przybywającym osadnikom i Prusom, których w tych czasach pozostało jednak już niewielu. Ostródzki dwór pełnił rolę administracyjnego, gospodarczego i wojskowego centrum, przy którym zaczęła powstawać niewielka początkowo osada. W pierwszej ćwierci XIV wieku rozbudowała się i okrzepła ona na tyle, że w 1329 roku uzyskała przywilej miejski z rąk komtura dzierzgońskiego, Lutra z Brunszwiku, późniejszego wielkiego mistrza krzyżackiego. Dzięki temu nadaniu rola Ostródy wzrosła, co w końcu zaowocowało utworzeniem w 1341 roku komturstwa ostródzkiego – wyższej jednostki administracyjnej państwa zakonnego. Podlegały mu m.in. ośrodki administracji krzyżackiej w Nidzicy, Dąbrównie, Olsztynku, Działdowie i Iławie. Było to jedno z większych i ważniejszych komturstw w tej części państwa zakonnego – ze względu na przygraniczny charakter i położenie na szlaku handlowym, prowadzącym z Mazowsza nad Bałtyk. Miasto rozwijało się, tworząc własny system obronny, składający się z naturalnych kanałów rzeki i murów obronnych z trzema bramami wjazdowymi. W tej sytuacji, w efekcie zwiększonej roli administracyjnej i gospodarczej, Krzyżacy podjęli decyzję o rozbudowie również swojej siedziby.
Budowę murowanego z cegły zamku w jego pierwotnym kształcie rozpoczął w połowie XIV wieku ówczesny komtur Günter von Hohenstein. Była to budowla charakterystyczna dla tzw. domu konwentu, siedziby nie tylko administracyjnej, ale pełniącej również funkcje klasztorne dla przebywających tam członków Zakonu – braci-rycerzy i braci księży. Najmniejszy z konwentów powinien był liczyć przynajmniej 12 rycerzy, którzy jednocześnie pełnili różnorodne funkcje administracyjne, i 6 księży dbających o życie duchowe mieszkańców domu-konwentu.
Nowe założenie wzniesiono na kamiennej podmurówce, na planie zbliżonym do kwadratu o wymiarach 44,7 x 45,2 m. W tym czasie zamek posiadał cztery skrzydła, każde o szerokości ok. 14,3 m, z bramą wjazdową i mostem zwodzonym umieszczonymi od zachodu. Wszystkie skrzydła były podpiwniczone i posiadały trzy kondygnacje naziemne. Na parterze znajdowały się głównie pomieszczenia gospodarcze. Piętro przeznaczone było na pomieszczenia mieszkalne rycerzy-zakonników, komnaty komtura, pokoje gościnne i kaplicę zamkową, która usytuowana była w skrzydle południowym. Najwyższa kondygnacja była piętrem obronnym. Znajdowały się tam również pomieszczenia spichrzowe, w których składowano rezerwy zboża. We wschodnim skrzydle mieściła się ponadto zbrojownia, gdzie przechowywano zapasy różnego typu uzbrojenia. Już pod koniec XIV wieku zamek zaopatrzony był w broń palną w postaci hakownic i dział z odpowiednim zapasem kamiennych kul. Dziedziniec otaczały dostawione do murów krużganki, które zapewniały wewnętrzną komunikację.
Zamek najprawdopodobniej posiadał osobny system obronny, od miasta oddzielała go fosa i parcham z murem obwodowym. Nad fosą stała wieża sanitarna (gdanisko) połączona z zamkiem krytym pomostem. Istotną częścią założenia było przedzamcze, gdzie ulokowane były budynki i pomieszczenia gospodarcze oraz produkcyjno-magazynowe (młyn, spichlerz, browar, kuźnia, stajnie itp.).
Budowę tej warowni przerwał w 1381 roku najazd litewskiego księcia Kiejstuta, powodując znaczne zniszczenia zarówno zamku, jak i miasta. W rezultacie przeciągnęła się ona aż do końca XIV wieku. Prace wzmacniające siłę obronną warowni trwały właściwie niemal do wybuchu wielkiej wojny z Polską, której efektem było poddanie miasta i zamku siłom polskim po bitwie grunwaldzkiej w 1410 roku. Niektórzy historycy podają też, że w zamkowej kaplicy złożono na krótko ciała poległych w bitwie dostojników zakonnych, wśród nich wielkiego mistrza Ulryka von Jungingena i komtura ostródzkiego Gamratha von Pinzenaua.
Po 1525 roku, po zasadniczych zmianach polityczno-społecznych, kiedy powstało lenne wobec Polski Księstwo Prus, zamek stał się siedzibą starostwa i innych urzędów; administrowanie starostwem przyjął z rąk księcia Albrechta Hohenzollerna Quirin Schlick – dotychczasowy komtur ostródzki. W połowie XVII wieku, w okresie wojen szwedzkich, w znacznym stopniu zmieniono otoczenie zamku przez budowę wałów i bastionów ziemnych.
W 1788 roku w wyniku pożaru, który zniszczył całe miasto, nastąpił wybuch prochu w magazynie skrzydła wschodniego. W jego konsekwencji spłonęły górne piętra budynku, a poważnym uszkodzeniom uległo skrzydło wschodnie, które ostatecznie zostało rozebrane. W jego miejscu powstał zamykający dziedziniec niewielki mur, pozostałe trzy skrzydła odbudowano do wysokości pierwszego piętra i przykryto dwuspadowym dachem. W XIX wieku znajdował się tu m.in. sąd oraz urząd powiatowy. Część pomieszczeń po przebudowie przeznaczona została również na mieszkania. Wskutek działań wojennych w czasie II wojny światowej w 1945 roku obiekt uległ ponownie zniszczeniu. Wypalony, pozbawiony dachu i stropu strychowego popadał w coraz większą ruinę.
Spośród lokatorów zamku, którzy zapisali się w historii nie tylko miasta, warto wymienić przynajmniej dwie postaci.
Pierwsza to śląski książę Jan Chrystian, który w latach 1636 – 1639 zarządzał osobiście ostródzkim starostwem przyznanym mu na 10 lat jako zadośćuczynienie za nieotrzymany posag z pierwszego małżeństwa z Dorotą Sybillą von Hohenzollern. Mieszkał wraz z dworem na zamku. W kościele miejskim została pochowana jego druga żona, Anna Jadwiga, zmarła w czerwcu 1639 roku. Pół roku później, w grudniu tego samego roku, umiera również sam książę, którego ciało przewiezione zostało do jego rodzinnego Brzegu nad Odrą.
Od 21 lutego do 1 kwietnia 1807 roku na zamku rezydował Napoleon Bonaparte, toczący w tym czasie kampanię pruską pierwszej wojny polskiej. Zajmował pokój na pierwszym piętrze północnego skrzydła. Stąd dowodził wojskiem i administrował cesarstwem. Pobyt cesarza i jego wojsk w Ostródzie znalazł odbicie w malarstwie, grafice i medalierstwie; paryska mennica wybiła m.in. pamiątkowy medal „Napoleon w Ostródzie”. Pamięć o tych wydarzeniach kultywowana jest dzisiaj poprzez organizowanie różnego typu imprez historycznych nawiązujących do tego okresu.
Po przeprowadzeniu wcześniejszych badań archeologicznych w 1977 roku rozpoczęto prace budowlane przy restauracji zamku po wojennych zniszczeniach. Starano się przy tym zachować nieliczne już elementy średniowiecznego układu wnętrz, w tym część piwnic, gdzie o gotyckim rodowodzie zamku zaświadczają sklepienia krzyżowe na gurtach. Gotycki charakter zachowują też niektóre pomieszczenia przyziemia ze sklepieniami krzyżowo-żebrowymi z granitowymi filarami u podstawy. Częściowo zrekonstruowano również ostrołukowe okna i gotyckie, profilowane portale parteru i piętra. Na dziedzińcu przy ścianie skrzydła północnego odkryto również studnię, będącą dla ówczesnych mieszkańców źródłem wody.
Obecnie, od połowy lat dziewięćdziesiątych, zamek jest siedzibą miejskich instytucji kultury – muzeum i biblioteki.